Die Peterskirche ist eine gotische Stadt- und Stiftskirche, ihre Ursprünge gehen auf die karolingische Zeit zurück. Nach mittelalterlichen Vorgängerkirchen erhielt sie Ende des 14. Jahrhunderts ihre heutige Gestalt. Ihre Architektur ist schlicht, im Innern finden sich kostbare Wandmalereien. Der Chor zeichnet sich durch die kunstvoll gewölbte Decke aus und durch das geschnitzte Chorgestühl. Verschiedene Seitenkapellen wurden angefügt. Grabtafeln erinnern an prominente Verstorbene – zu bemerken sind vor allem die Tafeln für den Mathematiker Bernoulli gleich beim Eingang links an der Nordwand.
Seit 1529 ist die Peterskirche eine reformierte Stadtkirche. Sie dient zum Gottesdienst, ist aber auch sehr beliebt als Raum für Konzerte und andere kulturelle Veranstaltungen.
In der Peterskirche werden Gottesdienste in ihrer traditionellen Form gepflegt, in der Musik als eine wichtige Form der Verkündigung einen hohen Stellenwert genießt.
Die Peterskirche Basel besitzt eine sehr wertvolle Orgel. Das Gehäuse und ein Teil der Pfeifen sind Originale vom berühmten Strassburger Orgelbauer Johann Andreas Silbermann. Ergänzt wurde das barocke Werk im Jahre 1968 von der Orgelbaufirma Neidhart und Lhôte, CH-Neuchâtel. Die Silbermann/Lhôte-Orgel ist regelmässig in den Gottesdiensten zu hören und spielt im Musikleben an der Peterskirche eine entscheidende Rolle. Durch ihren seltenen Aufstellungsort im Kirchenraum, nämlich auf dem Lettner und somit in Blickrichtung des Publikums, sowie ihrem ausgewogenen, klaren und warmen Klang ergibt sich eine ideale Situation für Orgelkonzerte.
Der Verein „Orgelmusik St. Peter“ veranstaltet vom April bis Oktober eine Konzertreihe mit hervorragenden Interpretern aus dem In- und Ausland. Vom Januar bis März finden jeweils am ersten Sonntag des Monats nach dem Gottesdienst halbstündige Orgelmatineen statt.